Bộ não lìa khỏi cơ thể (bộ não trong thùng) có thể coi là một thí nghiệm tưởng tượng hữu ích khi có một số cuộc tranh luận triết học nổ ra xoay quanh tính đáng tin của thí nghiệm này. Nếu kết quả của những cuộc tranh luận là thí nghiệm tưởng tượng này không đáng tin cậy, thì hóa ra chúng ta cũng không tới gần với tri thức, sự thật, ý thức, sự đại diện,... hơn trước khi thí nghiệm mấy.

Tranh luận từ quan điểm sinh học

Lập luận phản bác lại thí nghiệm tưởng tượng BIV xuất phát từ ý tưởng cho rằng BIV không – và không thể nào – giống về mặt sinh học với bộ não gắn liền với cơ thể con người. Vì BIV không gắn liền với cơ thể con người nên không thể nào xem nó tương tự như bộ não đã gắn liền với cơ thể con người được. Giải thích rõ ràng hơn thì BIV thiếu các kết nối từ cơ thể đến não, điều này khiến cho BIV không có tính chất thần kinh hay sinh lý thần kinh tương tự như bộ não gắn liền với cơ thể.[5][6] Nếu quả đúng như vậy thì chúng ta không thể nói rằng BIV có thể có những trải nghiệm tương tự như bộ não gắn liền với cơ thể, vì 2 bộ não không tương đương nhau. Tuy nhiên, lập luận này vẫn có thể bị phản biện nếu như có một cỗ máy giả định nào đó có thể tạo ra cơ thể giả để kết nối với BIV.

Tranh luận dựa trên thuyết ngoại tại

Lập luận thứ hai đề cập trực tiếp đến các kích thích đi vào não. BIV là một bộ não nhận kích thích từ một cỗ máy. Tuy nhiên, với một bộ não gắn liền với cơ thể thì nó sẽ nhận kích thích từ thụ cảm (thông qua chạm, nếm, ngửi, v.v) tiếp nhận đầu vào từ môi trường bên ngoài. Lập luận này đôi khi dẫn đến kết luận rằng có sự khác biệt giữa những gì BIV đại diện và những gì bộ não gắn liền với cơ thể đại diện. Nhiều triết gia đã mổ xẻ cuộc tranh luận này nhưng vẫn chưa tìm ra câu trả lời. Những người đã tham gia tranh luận bao gồm Uriah Kriegel,[7] Colin McGinn,[8] và Robert D. Rupert.[9] Bên cạnh đó cũng có nhiều phân nhánh cho các cuộc thảo luận triết học tâm trí (nhưng không bị giới hạn) về sự đại diện, ý thức, và nhận thức.[10]